Bonjour,
personnellement, étant dans un cas semblable au tien, j'utilise le plugin Multiverse-Core, qui permet d'utiliser plusieurs maps sur un serveur.Il permet aussi de décharger (ou directement supprimer) des maps. Ensuite je copie une backup de la map et je réimporte la map.
Malheureusement, je ne sais pas si cela fonctionnera avec le monde end du monde par défaut ("world_the_end" par exemple); si j'essaie de décharger le monde par défaut "world", il me met une erreur.
Cependant, tu pourrais contourner cela en utilisant justement des mondes différents pour l'end, les ressources et le nether; faudrait juste un peu bidouiller lors de la téléportation ;)